Uprava "Željeznica FBiH" je 2007. godine, zbog nagomilanih gubitaka, donijela odluku kojom je smanjila vrijednost državnog kapitala u tom preduzeću, utvrdio je Ured za reviziju institucija FBiH.
Za ovo smanjenje je dobila saglasnost Vlade FBiH koja ima ulogu vlasnika kapitala. Sve ovo dešavalo se u vrijeme dok je Vlada FBiH godišnje izdvajala po 25 miliona KM za potrebe ovog preduzeća i dok je Parlament FBiH usvajao zakon o sanaciji dugova "Željeznica FBiH" kojim će se iz budžeta FBiH u sedam godina izdvojiti 180 miliona KM.
Iz Vlade FBiH kažu da je za aktuelno stanje kriva FBiH koja nije izdvajala dovoljno novca za infrastrukturu, a da o drugim navodima revizora ne mogu govoriti jer je izvještaj opširan.
U izvještaju, pak, piše da Uprava preduzeća ne zna šta je od poslovnih prostora iznajmljeno i po koje pare, da je "Vila Dalmacija" prodata tako što je neko odoka njenu cijenu smanjio za 170.000 KM, da privatno preduzeće CPU koristi poslovni prostor ovog državnog preduzeća i već godinama ne plaća kiriju zbog novca koji je uložen u sanaciju tog prostora (i to bez ikakvog dokaza o uloženom novcu), o iznajmljivanju drugih poslovnih prostora po cijeni znatno nižoj od tržišne.
U izvještaju stoji i da nekoliko direktora ovog preduzeća ima menadžerske ugovore i da samo za reprezentaciju troše više od 200.000 KM, da se stanovi, odvojen život i pripravnost kod kuće plaćaju ljudima koji nemaju pravo na te naknade.
Priča o JP "Željeznice FBiH" ponovo govori o tome da je državna imovina svačija, a svačija ničija, pa o njoj niko i ne brine.