Cijene drugog ciklusa studija po bolonjskom sistemu, ili narodski rečeno, postdiplomskog studija, ne samo da se razlikuju među bh. univerzitetima nego i od fakulteta do fakulteta.
Na pojedinim fakultetima Tuzlanskog univerziteta godina studija koštai čak 5.000 KM, ne računajući troškove komisije, dok je cijena drugog ciklusa studija na istom fakultetu, samo stotinak kilometara dalje, na Univerzitetu u Sarajevu 690 KM. Mnogi studenti ne mogu godišnje plaćati 5.000 KM pa studij završavaju u drugim gradovima, što rezultira prebukiranošću fakulteta, a samim tim i nekvalitetnom nastavom.
Visoko obrazovanje je u nadležnosti kantona. Otuda i proizlazi problem neujednačenih cijena studiranja. Svaki kanton vodi svoju politiku, pa tako i postavlja cijene. Ne treba zanemariti činjenicu da je fakultetima, iako su im kantoni osnivači, data puna autonomija pa mogu raditi šta hoće. Stoga nije rijetkost da fakulteti sami definiraju cijene studiranja. Postavljaju cijene u skladu sa svojim troškovima, jer moraju namiriti plate, putne i ostale troškove profesorima, ovdašnjim članovima ugledne akademske zajednice.
Činjenica je da se studiranje svugdje u svijetu plaća. Ali nigdje u svijetu tu politiku ne vode fakulteti, općine, regije i kantoni, nego država. Kod nas država nema nikakvih nadležnosti u visokom obrazovanju, niti ima jednakih pravila za javne univerzitete.
Sve dok ne bude postavljen jedinstven sistem za javne univerzitete, dotle će se studenti suočavati s brojnim problemima.