Velika prašina digla se 2003. godine, kada su specijalni revizori pročešljali poslovanje elektroprivreda BiH i Hrvatske zajednice Herceg Bosna.
Prema revizorskim izvještajima, nesavjesnim poslovanjem i finansiranjem pojedinaca iz vrha HDZ-a `Elektroprivreda Herceg Bosne` samo u 2001. godini građane je oštetila za 50 miliona KM. Ove podatke iznio je bivši zamjenik visokog predstavnika Donald Hejz. Nakon što je tadašnji prvi čovjek OHR-a Pedi Ešdaun zaprijetio da će sankcionisati odgovorne, Matan Zarić, generalni direktor ove elektroprivrede, podnio je ostavku. Dragan Čović, u to vrijeme član Predsjedništva BiH i predsjednik HDZ-a, odbacio je svoju i povezanost HDZ-a BiH s nelegalnim radnjama u ovoj elektroprivredi.
Specijalni revizorski izvještaj ukazao je i na loše poslovanje `Elektroprivrede BiH`. Revizori su utvrdili da je ovo javno preduzeće u 2001. godini pretrpjelo gubitke oko 65 miliona KM. Nakon prezentacije revizorskog izvještaja Ešdaun je 2003. godine Edhemu Bičakčiću, visokom dužnosniku SDA i tadašnjem generalnom direktoru `Elektroprivrede BiH`, zabranio obavljanje javne funkcije i zaposlenje u bilo kojem javnom preduzeću. Finansijska policija FBiH Kantonalnom tužilaštvu u Sarajevu proslijedila je i izvještaj u kojem su Meho Obradović i Sead Spahić, čelnici ranijeg rukovodstva ovog preduzeća, osumnjičeni za zloupotrebu položaja, ali optužnica do danas nije podignuta. U ovom tužilaštvu kažu da svake godine dobijaju izvještaje revizora, ali da na osnovu njih do danas nije podignuta nijedna optužnica.
`Tužiocima se dostave svi izvještaji, ali to je preobimna dokumentacija. Ti predmeti su jako teški. Riječ je o pronevjeri novca, a znate da je novcu najteže ući u trag`, kazala je Edina Pirija, iz Službe za odnose s javnošću Kantonalnog tužilaštva u Sarajevu.
Ni dokapitalizacija `Energopetrola` Sarajevo, koji je 2006. godine prodan mađarsko-hrvatskom konzorciju MOL/INA nije prošla bez afere.
U izvještaju istrage Kantonalnog tužilaštva Sarajevo navedeno je da je Vlada FBiH protuzakonito privatizirala ovu firmu, te da ovaj postupak nije vršen u skladu s odredbama Zakona o privatizaciji preduzeća, jer je sve aktivnosti u vezi s postupkom privatizacije obavljala Komisija formirana odlukom Vlade, a ne Agencija za privatizaciju FBiH. Istaknuto je da je dosadašnja istraga o dokapitalizaciji ove kompanije pokazala da je prekršen i Zakon o privrednim društvima, jer Nadzorni odbor i Skupština EP nisu donijeli odluku o dokapitalizaciji, ali i zato što je Vlada FBiH bez odluke Skupštine dioničara ove firme isknjižila i prenijela imovinu kompanije.
U izvještaju je navedeno i da je Dragan Vrankić, bivši ministar finansija FBiH, kao drugostepeni organ donio rješenje kojim je poništio nalog Finansijske policije FBiH, koja je pak EP naredila plaćanje oko 69 miliona KM zaostalih poreza, carina i akciza. Na ovaj način, piše u izvještaju, Ministarstvo finansija FBiH povrijedilo je zakon u korist firme `Energoinvest-Energopetrol`, a na štetu budžeta FBiH. Istraga još traje.
Vjerovatno najinteresantniji poslijeratni sudski slučaj u kojem se čelnicima AID-a (bivše bošnjačke obavještajne službe) sudilo u slučaju `Pogorelica` rezultirao je oslobađanjem optuženih. U ovom predmetu suđeno je Bakiru Alispahiću, Irfanu Ljevakoviću i Enveru Mujezinoviću, te bivšim čelnicima policije Unsko-sanskog kanotna Edhamu Veladžiću i Ejubu Ikiću.
Presudom su Alispahić, Ljevaković i Mujezinović oslobođeni optužbe da su u decembru 1995. na sastanku u AID-u dogovorili ubistvo Fikreta Abdića. Mujezinović je nakon toga preuzeo ulogu koordinatora, a potom su odabrali Veladžića i Ikića, koji su trebali izabrati neposredne izvršioce. Abdić je trebao biti ubijen u Hrvatskoj.
Plan ubistva Abdića, prema optužnici, propao je nakon što su 1996. godine na teritoriji Hrvatske otkrivene, a zatim i pritvorene četiri osobe, koje su bile odabrane za izvršenje ovog atentata.
Optužnica protiv optužene petorke potvrđena je u februaru 2005. godine. Tada je odbačena i tačka optužnice za obuku u kampu `Pogorelica` za izvođenje terorističkih akcija. Alispahić i ostali optuženi u predmetu `Pogorelica` presudom Vijeća Kantonalnog suda u Sarajevu u julu 2006. godine oslobođeni su svih optužbi.
U proljeće 2002. godine pripadnici SFOR-a otkrili su tajno sklonište i zazidane minobacačke granate u tri mostarska preduzeća. Tom je prilikom otkriveno više od 9.000 minobacačkih granata i drugog oružja.
Pravosnažnom odlukom Kantonalnog suda u Mostaru, objavljenom prije mjesec, odgovornosti za skladištenje i čuvanje veće količine naoružanja oslobođeni su Mehmed Bajgorić, bivši direktor preduzeća za namjensku industriju `Soko`, te Jusuf Piralić i Hasan Tojaga, bivši šefovi Ureda direkcije za proizvodnju, promet i rezerve proizvoda posebne namjene RBiH. Bajgorić je presudom Opštinskog suda Mostar iz oktobra 2005. godine bio osuđen na četiri godine zatvora, a Piralić i Tojaga na po 10 mjeseci. Kantonalni sud u Mostaru poništio je ovu presudu, te je u drugostepenom postupku pravosnažno oslobodio optužene.
Hasan Čengić, bivši zamjenik ministra obrane FBiH i jedan od osnivača SDA, u junu 2006. godine u Sudu BiH oslobođen je optužbi da je u vrijeme dok je bio zamjenik ministra odbrane FBiH zloupotrijebio položaj. Čengić, čije se ime dovodi u vezu s nikada dokazanim milionskim pronevjerama novca od ratnih donacija, bio je optužen da je 1996. godine prekoračio svoja službena ovlaštenja i drugom pribavio korist veću od 10.000 KM. Tokom suđenja nije dokazano da je zloupotrijebio položaj zamjenika ministra odbrane FBiH time što je potpisao ovlaštenje za proizvodnju eksploziva, oružja i municije preduzeću BIO (Bosanska investiciona organizacija). Čengić je bio predsjednik Izvršnog odbra konzorcija BIO.
Nedugo nakon oslobađanja Čengića Sud BiH oslobodio je optužbi i Asima Fazlića, bivšeg zamjenika direktora Interpola BiH. Tužilaštvo BiH Fazlića je teretilo za zloupotrebu položaja i službene ovlasti, iznudu novca od Zijada Turkovića, primanje mita, neprijavljivanje krivičnog djela, te prikrivanje podataka Interpola u vezi sa slučajem `Maktouf`. Drugooptuženi Senad Kobilić je zbog pokušaja ucjene Petra Ćorluke, biznismena iz Gruda, osuđen na godinu dana zatvora, a oslobođen je jedne tačke optužnice za ucjenu u slučaju `Turković`.*
Čoviću pet godina u slučaju `Lijanovići`
Dragan Čović, predsjednik HDZ-a BiH, u novembru prošle godine u Sudu BiH osuđen je na pet godina zatvora u predmetu `Lijanovići` za zloupotrebu položaja u vrijeme kada je bio ministar finansija FBiH 2000. godine. Čović je oslobođen optužbe za organizovani kriminal, kao i braća Jozo, Jerko, Slavo i Mladen Ivanković Lijanović, suvlasnici Mesne industrije `Lijanovići` iz Širokog Brijega. Optužbe su oslobođeni i Mato Tadić, nekadašnji predsjednik, a sada sudija Ustavnog suda BiH, te profesor prava Zdravko Lučić. Čović je nakon presude i kraćeg zadržavanja u pritvoru pušten, te će do pravosnažne presude ostati na slobodi.